Estudios GWAS: buscar en todo el genoma
Genética cuantitativa y rasgos complejos · Nivel intermedio · 2 min de lectura
En una frase: un GWAS compara millones de variantes en miles o millones de personas para encontrar las asociadas a un rasgo o una enfermedad; han señalado miles de regiones del genoma, casi todas con efectos muy pequeños.
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Cómo funciona
Se analizan, normalmente con microarrays, cientos de miles de SNP en un grupo de personas con un rasgo o una enfermedad y en otro sin ella, o en muchas personas con distintos valores de un rasgo. Para cada variante se comprueba si es más frecuente en un grupo o si se asocia con valores más altos. Como se hacen millones de comparaciones, se exige un umbral estadístico muy estricto, habitualmente p < 5 × 10-8, para evitar falsos positivos.
Qué han encontrado
Desde los primeros GWAS a mediados de los años 2000, el Catálogo GWAS ha reunido cientos de miles de asociaciones. Un ejemplo de su escala: un estudio de 2022 con 5,4 millones de personas encontró 12.111 variantes asociadas a la estatura, agrupadas en regiones que cubren alrededor del 21 % del genoma.
La lección general es que la mayoría de los rasgos comunes son poligénicos: dependen de muchísimas variantes, cada una con un efecto diminuto.
Lo que un GWAS no dice
- La variante señalada suele ser un marcador cercano a la causal, por el desequilibrio de ligamiento.
- La mayoría de las señales caen fuera de los genes, en regiones reguladoras, y hay que averiguar qué gen controlan.
- Asociación no es causa, y los resultados pueden confundirse por la estructura de la población.
Un problema de diversidad
La gran mayoría de los participantes en GWAS son de ascendencia europea. En el estudio de la estatura de 2022, las variantes encontradas explicaban el 40 % de la variación en personas de ascendencia europea, pero solo en torno al 10-20 % en otras ascendencias. Ampliar la diversidad de los estudios es una prioridad.
Ideas clave
- Un GWAS compara millones de variantes en muchas personas para buscar asociaciones.
- Se usa un umbral muy estricto, habitualmente p < 5 × 10⁻⁸.
- Un estudio de 2022 encontró 12.111 variantes asociadas a la estatura.
- La mayoría de los participantes son de ascendencia europea, lo que limita su utilidad en otras poblaciones.
Preguntas frecuentes
Porque cada variante tiene un efecto tan pequeño que solo se detecta con muestras enormes.
Una base de datos pública del NHGRI y el EBI que recopila las asociaciones publicadas en estudios GWAS.
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Fuentes
Imagen de cabecera: Jennifer Woodard Maderazo, Wikimedia Commons (CC BY 2.0), recortada y coloreada.