Cómo se clasifica una variante: el sistema ACMG/AMP
Variantes y mutaciones · Nivel avanzado · 2 min de lectura
En una frase: los laboratorios clasifican cada variante en cinco categorías, de patogénica a benigna, sumando pruebas de distinto tipo según las guías del Colegio Americano de Genética Médica (ACMG) y la Asociación de Patología Molecular (AMP).
En esta página
Las cinco categorías
- Patogénica.
- Probablemente patogénica.
- De significado incierto (VUS).
- Probablemente benigna.
- Benigna.
Las categorías «probablemente» significan que hay pruebas sólidas aunque no definitivas. Una VUS es una variante de la que no se sabe lo suficiente, y no debe usarse por sí sola para tomar decisiones médicas.
Qué pruebas se suman
Las guías de 2015 definen criterios con distinta fuerza a favor de patogenicidad o de benignidad. Entre ellos:
- Frecuencia en la población: una variante demasiado frecuente en bases de datos como gnomAD difícilmente causa una enfermedad rara.
- Tipo de variante: una que anula el gen en un gen donde la pérdida de función causa la enfermedad es una prueba fuerte.
- Predicciones informáticas sobre su efecto.
- Estudios funcionales en el laboratorio.
- Segregación familiar: si aparece en los afectados de una familia y no en los sanos.
- Aparición de novo en un paciente con padres sanos.
- Datos clínicos y casos publicados, recogidos en bases como ClinVar.
La combinación de criterios da la clasificación final. Grupos de expertos de ClinGen publican adaptaciones para genes concretos.
Las clasificaciones cambian
Con nuevos datos, una variante puede reclasificarse. Ocurre sobre todo con las VUS, y la mayoría de las que se reclasifican acaban como benignas o probablemente benignas. Por eso conviene preguntar si el laboratorio avisará de los cambios.
Ideas clave
- Hay cinco categorías: patogénica, probablemente patogénica, incierta, probablemente benigna y benigna.
- La clasificación suma pruebas de frecuencia, tipo de variante, predicciones, estudios funcionales y familias.
- Una variante de significado incierto no debe guiar decisiones médicas por sí sola.
- Las clasificaciones se revisan con nuevos datos.
Preguntas frecuentes
No siempre. Siguen las mismas guías, pero pueden ponderar los datos de forma distinta; ClinVar muestra cuándo hay discrepancias.
En la práctica clínica, normalmente sí; el umbral de confianza es alto.
Sigue leyendo
Fuentes
Imagen de cabecera: Nik.vuk, Wikimedia Commons (CC BY-SA 4.0), recortada.