Notación HGVS: cómo se escribe una variante
Variantes y mutaciones · Nivel avanzado · 2 min de lectura
En una frase: la nomenclatura HGVS es el idioma internacional para describir variantes; indica sobre qué secuencia se describe (g., c., p.), la posición y el cambio, como en c.20A>T o p.Phe508del.
Los prefijos
- g. posición en una secuencia genómica (un cromosoma).
- c. posición en la secuencia codificante de un ARN mensajero concreto, contando desde la A del codón de inicio ATG.
- n. posición en un ARN no codificante.
- m. posición en el ADN mitocondrial, como m.3243A>G.
- p. efecto en la proteína.
Siempre debería indicarse además la secuencia de referencia concreta, por ejemplo NM_000518.5:c.20A>T, porque un mismo gen puede tener varias versiones de ARN.
Ejemplos
| Notación | Significado |
|---|---|
| c.20A>T | En la posición 20 de la secuencia codificante, una A cambia por una T (gen HBB, anemia falciforme). |
| p.Glu7Val | Su efecto en la proteína: el ácido glutámico de la posición 7 pasa a valina. |
| c.1521_1523del | Se pierden las letras 1521 a 1523 (gen CFTR). |
| p.Phe508del | Falta la fenilalanina 508, la variante más frecuente de la fibrosis quística. |
| c.68_69del | Deleción de dos letras; desplaza el marco de lectura. |
| c.123+1G>A | Cambio en la primera letra del intrón que sigue a la posición 123, típico de variantes de splicing. |
| p.(Arg97*) | Un codón de arginina pasa a ser de parada; el paréntesis indica que es una predicción. |
Detalles que confunden
- El número de p. y el de c. no coinciden: un aminoácido corresponde a tres letras.
- Por razones históricas, la anemia falciforme se conoce también como Glu6Val, porque antes no se contaba la metionina inicial. La notación HGVS actual es p.Glu7Val.
- Los aminoácidos se escriben con abreviaturas de tres letras (Phe, Glu) o de una (F, E).
Ideas clave
- c. describe la secuencia codificante, p. la proteína, g. el genoma y m. el ADN mitocondrial.
- c.20A>T significa: posición 20, una A cambia por una T.
- del indica deleción y * un codón de parada.
- Hay que citar siempre la secuencia de referencia concreta.
Preguntas frecuentes
Es el mismo cambio: la notación antigua no contaba la metionina inicial de la proteína y la HGVS sí.
En la web de la nomenclatura HGVS y con herramientas como Mutalyzer, que validan si la descripción es correcta.
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Fuentes
Imagen de cabecera: Nik.vuk, Wikimedia Commons (CC BY-SA 4.0), recortada.