Desequilibrio de ligamiento
Genética cuantitativa y rasgos complejos · Nivel intermedio · 2 min de lectura
En una frase: las variantes cercanas en un cromosoma tienden a heredarse en bloque durante muchas generaciones; esa asociación, llamada desequilibrio de ligamiento, permite estudiar el genoma con pocos marcadores, pero complica saber qué variante causa un efecto.
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Variantes que viajan juntas
Cuando aparece una variante nueva, lo hace en un cromosoma con un conjunto concreto de variantes vecinas, un haplotipo. La recombinación va separándolas generación a generación, pero si están muy cerca tarda mucho en hacerlo. Mientras tanto, saber qué variante hay en un punto permite predecir con bastante seguridad cuáles hay alrededor. Esa asociación es el desequilibrio de ligamiento.
Cómo se mide
Se usan medidas como r², que va de 0 (las variantes se heredan con independencia) a 1 (siempre van juntas). Los bloques de desequilibrio son más largos en poblaciones que han pasado por cuellos de botella recientes y más cortos en las africanas, que conservan más diversidad.
Una ventaja: la imputación
Gracias al desequilibrio de ligamiento, basta con leer unos cientos de miles de SNP para deducir con bastante precisión millones de variantes no leídas, usando paneles de referencia como el del Proyecto 1000 Genomas. Esta técnica, la imputación, abarató enormemente los estudios GWAS.
Un problema: ¿cuál es la causal?
La contrapartida es que un GWAS señala una región con muchas variantes en fuerte desequilibrio, y cualquiera de ellas podría ser la responsable. El mapeo fino combina estadística, datos de varias poblaciones con bloques distintos y datos funcionales para identificar la variante causal.
Ideas clave
- Las variantes cercanas tienden a heredarse juntas: es el desequilibrio de ligamiento.
- Se mide con r², de 0 (independientes) a 1 (siempre juntas).
- Permite imputar millones de variantes a partir de unos cientos de miles.
- Dificulta identificar la variante causal en un GWAS.
Preguntas frecuentes
No exactamente: el ligamiento se refiere a la herencia conjunta en familias; el desequilibrio de ligamiento, a la asociación de variantes en una población.
Porque son más antiguas y diversas, y la recombinación ha tenido más tiempo para separar las variantes.
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Fuentes
Imagen de cabecera: Jennifer Woodard Maderazo, Wikimedia Commons (CC BY 2.0), recortada y coloreada.