Variantes estructurales y variación en el número de copias
Variantes y mutaciones · Nivel intermedio · 2 min de lectura
En una frase: las variantes estructurales son cambios de más de unas 50 letras, como deleciones, duplicaciones, inversiones o translocaciones; las que cambian el número de copias de un fragmento se llaman CNV.
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Tipos de variantes estructurales
- Deleción: falta un fragmento.
- Duplicación: un fragmento aparece dos o más veces.
- Inversión: un fragmento está dado la vuelta.
- Translocación: un fragmento ha pasado a otro cromosoma.
- Inserción: se ha añadido un fragmento grande, a veces un elemento móvil.
Las deleciones y duplicaciones cambian la cantidad de ADN y se agrupan bajo el nombre de variación en el número de copias (CNV).
Más frecuentes de lo que parece
Cada persona tiene miles de variantes estructurales. Aunque son menos numerosas que las SNV, como abarcan muchas letras afectan a más ADN en total. Un catálogo de gnomAD publicado en 2020 recogió cerca de medio millón de variantes estructurales distintas en casi 15.000 genomas.
Cuándo causan enfermedad
Una CNV puede quitar o duplicar genes enteros, y si alguno es sensible a la dosis, causar un trastorno. Las microdeleciones como la 22q11.2 o la del síndrome de Williams son ejemplos; también lo son muchas de las causas genéticas detectadas en niños con discapacidad intelectual o autismo. Lo vemos en citogenética.
Una inversión o translocación que no pierde material suele no tener efecto en quien la lleva, salvo que rompa un gen o separe un gen de sus interruptores.
Cómo se detectan
Los microarrays cromosómicos detectan bien las ganancias y pérdidas; la secuenciación de genoma completo, y sobre todo la de lectura larga, permite ver también inversiones y reordenamientos complejos que otras técnicas pasan por alto.
Ideas clave
- Las variantes estructurales son cambios de más de unas 50 letras.
- Las deleciones y duplicaciones cambian el número de copias (CNV).
- Pueden quitar o duplicar genes sensibles a la dosis y causar trastornos.
- Se detectan con microarrays y, cada vez más, con secuenciación de lectura larga.
Preguntas frecuentes
No. Muchas son frecuentes en personas sanas. Su interpretación depende del tamaño, de los genes incluidos y de si está descrita en personas sanas.
Puede detectar algunas, pero con menos fiabilidad que un microarray o un genoma completo.
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Fuentes
Imagen de cabecera: Nik.vuk, Wikimedia Commons (CC BY-SA 4.0), recortada.